Nacque a Wuppertal, in Westfalia, nel 1886, in una famiglia di alti funzionari. Il suo ruolo di intellettuale testimone del genocidio degli armeni, e soprattutto la sua volontà di denuncia, attraverso anche le sue fotografie e le sue opere letterarie, lo hanno reso protagonista della vita di diverse comunità armene nel mondo. Lo scrittore ha messo a frutto il proprio talento visionario per illustrare, a volte in modo sorprendentemente preveggente, il destino del popolo armeno.

In seguito allo scoppio della prima guerra mondiale, dopo aver concluso gli studi in legge, si arruolò come infermiere volontario nell'unità sanitaria dell'esercito, e nell'inverno 1914-15 fu inviato in Polonia, e in seguito insignito della Croce di Ferro. Nell'aprile del 1915 parte per il Medio Oriente, dove nell'estate assiste i feriti della battaglia dei Dardanelli; comincia a ricevere informazioni sulle deportazioni e sui massacri degli armeni. Nel novembre, dopo una breve licenza, parte in missione come sottotenente con la sesta armata ottomana al seguito del Feldmaresciallo Colmar Freiherr von der Goltz Pasa, attraverso l'Asia Minore e la Mesopotamia, da Costantinopoli a Bagdad. Documenta il suo viaggio in un diario, in cui indica le tappe di andata e ritorno, fino all'autunno del 1916: Ras-ul-Ain, Mossul, Bagdad, Der el Zor, Rakka, Meskene, Aleppo, Konya, Costantinopoli. E' in questo lungo viaggio che, nonostante gli espressi divieti delle autorità turche e tedesche, Wegner raccoglie testimonianze scattando fotografie nei campi, prendendo appunti e notazioni, che utilizzerà poi nelle sue lettere prima, negli anni del dopoguerra poi, nella sua attività di denuncia del genocidio. Nel maggio 1916, la sua situazione nell'esercito comincia a divenire precaria, in quanto vengono scoperte alcune sue lettere in cui descrive le deportazioni alla madre; viene costretto a lavorare nelle baracche degli infettati dal colera, e si ammala. I suoi punti di vista pacifisti, che dopo un'iniziale giovanile entusiasmo per la guerra, caratterizzeranno tutta la sua vita, gli causano infine l'arresto e il rimpatrio, dopo il ritorno a Costantinopoli alla fine del 1916.

Il suo ritorno in Germania sarà segnato dall'attività in riviste governative sui rapporti con la Turchia e il Medio Oriente, ma soprattutto dalle conferenze in cui mostra le fotografie di profughi armeni, che causano spesso grosse polemiche:

"C’è gente che si definisce tedesca, nonostante utilizzi ogni mezzo [...] per raggiungere lo scopo di trascinare la Germania prerepubblicana nel fango davanti a tutto il mondo. Ecco per esempio un certo signor Armin B. Wegner - si definisce un poeta pacifista e si sfoga nelle "prefazioni" quando non può più fermare l'inchiostro - (che porta) una recita su "La cacciata degli Armeni nel deserto" alla società Urania di Berlino. La prima cosa che ha detto è stato che la Germania ha una colpa morale in quest’orrore armeno. Lo ha ripetuto diverse volte. E si sa - ogni tedesco che era in Turchia lo sa - quanto energicamente l'ambasciatore, quanto energicamente soprattutto il generale Kress von Kressenstein, per quanto gli è stato possibile, si è dato da fare per gli armeni, quanto il maresciallo Von der Goltz si è battuto per loro. E non si vorrebbe porre la questione al presidente della società armeno-tedesca Dr. Lepsius, perché ci procuri una spiegazione. [...]"
da una lettera pubblicata su "Die deutsche Zeitung", 11 ottobre 1919

Ma la sua attività, che lo spinge anche a raccogliere materiale presso altri testimoni, per corroborare la sua testimonianza, è pur sempre limitata dalla censura; solo dalla fine del 1918, la sua attività si amplia, e lo porta ad esporsi in prima persona con una lettera aperta al presidente americano Wilson sul destino degli armeni, durante la conferenza di pace di Versailles, nel febbraio 1919.

L'intervento successivo più eclatante è la pubblicazione degli atti del processo Tehlirian, a cui Wegner aggiunge la propria testimonianza scrivendo l'introduzione.
Il suo attivismo di pacifista e protettore dei diritti delle minoranze continua anche negli anni seguenti, quando nella primavera del 1933, dopo la prima serrata antiebraica, invia una lettera di protesta a Hitler. Questo, oltre alla sua attività letteraria "sovversiva", gli causeranno l'arresto, la tortura, e infine l'esilio, che dopo anni lo porterà nel 1936 in Italia, dove sarà prima a Positano e Stromboli e poi, dal 1956, a Roma. La sua vita proseguirà, tra mille difficoltà (tra l'altro con l’occupazione tedesca dell'Italia, durante la seconda guerra mondiale, rischia l'arresto), con il lavoro di scrittore e poeta, nonostante che i traumi subiti gli causino spesso crisi depressive, e di attivista della causa armena, che lo porterà a testimoniare instancabilmente la sua esperienza in Italia, negli Stati Uniti, in Germania. Nel 1968, quest'attività gli procura il titolo di 'giusto' assegnato dall’Ordine di San Gregorio a Erevan, oltre che dallo Yad Vashem di Gerusalemme.

Le ceneri di Armin Wegner, morto a Roma nel 1978, sono state trasportate dal figlio Mischa a Erevan, e tumulate con una cerimonia nel Muro della Memoria, accanto al monumento del genocidio.